Andrius Merkys: „Dr. Sauliaus Gražulio vadovaujamos darbo grupės rezultatus įprasta skelbti atvirai“

 

 

Vienas iš daugiausiai mokslinių tyrimų duomenų rinkinių akcijos „Rinkis MIDAS – laimėk dvigubai“ metu publikavusių dalyvių buvo Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro jaunesnysis mokslo darbuotojas Andrius Merkys. Su juo kalbamės apie MIDAS naudojimo įspūdžius, vykdomus mokslinius tyrimus ir poreikį rūpintis gautų rezultatų prieiga ir archyvavimu.

 

Ar sunku buvo pasiryžti publikuoti mokslinių tyrimų duomenis MIDAS? Kaip manote, kas motyvuoja tyrėjus dalintis duomenimis?

Registracija MIDAS ir trijų mokslinių tyrimų duomenų rinkinių įkėlimas man užtruko apie valandą. Įkėlimo metu kilus klausimams kreipiausi į MIDAS administratorių ir greitai sulaukiau pagalbos. Iš savo asmeninės patirties manau, kad norint įdėti papildomų pastangų savanoriškai užduočiai atlikti reikalinga adekvati motyvacija. Kaip pavyzdį norėčiau pateikti pastaruoju metu populiaria tapusią socialinę programų išeities kodo apsikeitimo platformą „GitHub“. Prisiregistruoti ir į šią platformą įkelti savo programų išeities kodus netrunka, daug veiksmų yra automatizuoti, o nauda – didelė. Aplink plačiai naudojamus programinės įrangos paketus susikuria mikrobendruomenės, kurios ne tik naudoja šią įrangą, praneša apie klaidas ar teikia vystymo pasiūlymus, bet ir tiesiogiai kuria ar taiso pačius išeities kodus. Manau, tai didžiulis šios platformos privalumas. MIDAS niša taip pat yra aktuali, tačiau, kaip ir su kiekvienu nauju įrankiu, reikia laiko susipažinti ir pritaikyti savo darbe.

 

Kaip pasirinkote, kurio mokslinio tyrimo duomenis publikuoti, ir kas labiausiai paskatino rinktis MIDAS?

 

Dirbu dr. S. Gražulio darbo grupėje, kuri Vilniaus universiteto Biotechnologijos institute užsiima Atviros mažų molekulių kristalografinės duomenų bazės COD (http://www.crystallography.net) vystymu bei panaudojimu chemoinformatiniams tyrimams. MIDAS nusprendžiau publikuoti būtent šios grupės tyrimų, susijusių su kristalografinės informacijos išgavimu (Merkys et al. 2016) ir jos panaudojimu cheminės struktūros nustatymui (Gražulis et al. 2015), rezultatus iš pastarųjų metų – mokslinių straipsnių priedus. Mane labiausiai motyvavo poreikis pasirūpinti jų prieiga bei archyvavimu. Be abejonės, paskatino ir vykdoma akcija „Rinkis MIDAS – laimėk dvigubai“ bei „Atvirosios prieigos savaitės 2017“ metu skirti papildomi 100 GB naujai registruotiems MIDAS vartotojams. Nors minėtus straipsnius išleidę žurnalai taip pat rūpinasi atvira ir nepertraukiama publikuotų duomenų prieiga, informacijos skelbimas keliose vietose tuo pačiu metu yra tik į naudą.

 

Kokius kitus mokslinius tyrimus šiuo metu vykdote arba planuojate vykdyti ateityje?

 

Šiuo metu tęsiu savo doktorantūros tyrimą, kurio metu iš COD esančių mažų molekulių kristalų aprašymų renku statistiką apie atomų organizaciją kristalinėse gardelėse. Tyrimo rezultatus, be abejonės, ruošiuosi paskelbti viešai, kaip tai jau yra įprasta mūsų darbo grupėje.

 

Ar esate patekę į situaciją, susijusią su duomenų rinkimu, saugumu, viešumu ar panašiais tyrėjams svarbiais dalykais, kurią šiandien padeda spręsti MIDAS?

 

Teko dalyvauti mokslinėje išvykoje į užsienį, kurios metu buvo atliekami didelės duomenų išeigos (angl. high-throughput) matavimai. Kadangi internetinis ryšys su mūsų kompiuteriais Lietuvoje buvo lėtas, matavimų rezultatus rašėme į atsivežtus kietuosius diskus. Po įtemptos savaitės paskutinį išvykos vakarą leidome sau atsipūsti. Palikę matavimo įrangą dirbti automatiniu režimu išėjome pavakarieniauti, o po vakarienės pro laboratorijos pastatą grįžome į bendrabutį. Nors buvo jau vėlu, visgi nutariau išsukti iš kelio ir patikrinti, ar matavimai vyksta sėkmingai. Užėjęs į laboratoriją radau artipilnius diskus ir prieš šiems užsipildant spėjau pakankamą dalį informacijos perkelti į papildomas laikmenas. Galimas daiktas, kad išvykimo rytą būtų tekę keisti dienotvarkę ir paplušėti persirašant netilpusią informaciją.

 

Šiuo metu vyksta antrasis akcijos „Rinkis MIDAS – laimėk dvigubai“ etapas. Publikuojant mokslinio tyrimo duomenų rinkinius ir (arba) jų metaduomenis MIDAS nuo lapkričio 1 d. iki 2017 m. gruodžio 1 d. galima laimėti asmenines mokslometrines analizes pagal Web of Science™ ir Scopus™ duomenis bei 100 eurų vertės dovanų kuponus moksliniams leidiniams įsigyti.