VU superkompiuteris (HPC)
- Padalinys: Vilniaus universitetas
- Raktažodžiai: Superkompiuteris, našieji skaičiavimai, paskirstyti skaičiavimai, HPC, CPU, GPU
- Atsakingas žmogus: Matematikos ir informatikos fakultetas: Aistė Grikietė, , tel. +370 5 2193053; Fizikos fakultetas: Dr. Mindaugas Mačernis, , +370 5 236 6049
HPC aukšto našumo skaičiavimo klasteris.
IT APC (Matematikos ir informatikos fakultetas)
VU MIF superkompiuteris sudarytas iš telkinių (mazguose pirmas skaičius - faktiškai pasiekiamas resursų kiekis):
| Telkinys | Mazgai | CPU | GPU | RAM |
| Main (CPU) | 35/36 | 48 | 0 | 384GiB |
| GPU | 3/3 | 40 | 8 | 512GB/32GB |
| Power (GPU) | 2/2 | 32 | 4 | 1024GB/32GB |
Visi infrastruktūros užsakymai vertinami skaičiuojant CPU/GPU valandas. Skaičiavimus vykdant keliuose mazguose/kortose valandų skaičių reiktų dauginti iš mazgų/kortų skaičiaus.
- CPU 1 valandos skaičiavimų paketą sudaro: 1 CPU + 8 GB operatyvinės atminties, disko talpa neribojama, tačiau atsarginės duomenų kopijos nėra daromos.
- GPU 1 valandos skaičiavimų paketą sudaro: 1 V100 grafinė korta su 32 GB grafinės atminties + 5 CPU procesoriai ir 64 GB sisteminės atminties, disko talpa neribojama, tačiau atsarginės duomenų kopijos nėra daromos.
Visi skaičiavimo ištekliai yra apjungti mažo vėlinimo 100 Gigabitų Infiniband tinklu.
Panaudojimo galimybės
- Duomenų analizės modelių kūrimas HPC aplinkoje. Tai duomenų analizės proceso inicijavimas, duomenų parengimas, duomenų analizei bei algoritmų tinkamų duomenų analizei kūrimas bei eksperimentinis vertinimas. Duomenų valymo, išsišokėlių radimo, klasifikavimo, grupavimų, asociatyvių taisyklių bei laiko eilučių algoritmai. Naudojama: R,Weka, Octave ir kt.
- Verslo procesų duomenų atvaizdavimo ir analizės optimizavimas ir analitinių algoritmų kūrimas HPC aplinkoje. Tai verslo procesų generuojamų duomenų vaizdinė analizė HPC aplinkoje taikant duomenų analizėse ar procesuose įprastas atvaizdavimo metodologijas. Verslo proceso taikomojoje aplinkoje struktūrinė, vaizdinė ar aprašomoji analizė atsižvelgiant į duomenų daugiamatiškumą, bei procesų sudėtingumą. Naudojama: R,Weka, Octave, Gaussian ir Gamess ir kt.
- Masyvių duomenų valdymo bei analizės algoritmų kūrimas naudojant debesų kompiuteriją. Tai „big data“ duomenų bazių kūrimas ir jų eksperimentinis panaudojimas bei vertinimas HPC bei debesų kompiuterijos aplinkose. Naudojama: NoSQL, Hadoop, BigTable ir kt.
- Jutiklių ir srautinių duomenų valdymo ir analitinių algoritmų kūrimas HPC ir naudojant debesų kompiuteriją. Tai nuolat besikeičiančių ir periodiškai atnaujinamų duomenų modelių, laiko eilučių panašumo algoritmų įgyvendinimas, esminių laikinių (angl. temporal) savybių tyrimas bei algoritmų taikymai jutikliams bei geografiniams nuolat kintantiems duomenims. Naudojama: PostgreSQL, TPR indeksai, srautinės DB, ir kiti taikymai.
- Verslo veiklos procesų perkėlimas ir duomenų analizė su debesų kompiuterija. Tai verslo sistemų tinkinimas bei eksperimentinis vertinimas pereinant į debesų kompiuterijos aplinkas. Verslo ar atviro kodo debesų kompiuterijos diegimas bei konsultavimas. Naudojama: S3, OpenNebula, OpenStack, VMware (ESXi), Hyper-V, XenServer, KVM, OpenVZ, VirtualBox ir pan.
- Vaizdų ir garso apdorojimo skaičiavimai ir algoritmų kūrimas. Tai paprastųjų (nuotraukų ir video) bei medicininių vaizdų savybių išskyrimas, greitosios turinio vaizdų paieškos algoritmų kūrimas ir masinis apdorojimas. Naudojama: FFTW, WT, POV-Ray, ir kt.
- Ekspertinis vertinimas ir konsultavimas IT klausimais. IT produktų, paslaugų, sprendimų ekspertinis vertinimas ir konsultavimas (kuriant, diegiant, eksploatuojant, ir kt.). Naujausių mokslinių tyrimų ir rezultatų taikymas įtraukiant VU MIF mokslininkus.
- Ekspertinis vertinimas, konsultavimas, mokymai kibernetinio saugumo klausimais. Verslo procesų analizė kibernetinio saugumo kontekste. Simuliacinių aplinkų kūrimas pažeidimų nustatymui ir įvertinimui įtraukiant VU MIF mokslininkus.
HPC Saulėtekis (Fizikos fakultetas)
Superkompiuterio „VU HPC Saulėtekis“ klasteris BullX 500
85 skaičiavimo mazgų klasteris.
85 skaičiavimo mazgų (24 skaičiavimo branduolių viename mazge su SSE4.2 procesoriaus instrukcijomis, 95 GB RAM); tikėtinas fizinis skaičiavimo mazgų prieinamumas: 50%.
Mazgai apjungti 40 Gbps greičio IB tinklu su kitais mazgais klasterio mazgais ir klasteriais.
Visa sistema naudoja didelio našumo failinę sistemas: 46TB (100 Gbps greičio IB tinkle) ir 289 TB (40 Gbps greičio IB tinkle). Maksimalus failo dydis uždaviniui 200TB.
Užduočių eilės: SLURM
Operacinės sistema: Red Hat Enterprise Linux release 8.4
Architektūra: BullX.
Panaudojimo galimybės:
OpenMP ir MPI tipo skaičiavimai pasirenkant uždaviniui reikalingą mazgų, branduolių ir atminties kiekį, Linux RHEL8 aplinkoje.
Superkompiuterio „VU HPC Saulėtekis“ klasteris BullX B510
54 skaičiavimo mazgų klasteris.
54 skaičiavimo mazgų (32 skaičiavimo branduolių viename mazge su AVX procesoriaus instrukcijomis, 128 GB RAM); tikėtinas fizinis skaičiavimo mazgų prieinamumas: 70%.
Mazgai apjungti 40 Gbps greičio IB tinklu su kitais mazgais klasterio mazgais ir klasteriais.
Visa sistema naudoja didelio našumo failinę sistemas: 46TB (100 Gbps greičio IB tinkle) ir 289 TB (40 Gbps greičio IB tinkle). Maksimalus failo dydis uždaviniui 200TB.
Užduočių eilės: SLURM
Operacinės sistema: Red Hat Enterprise Linux release 8.4
Architektūra: BullX.
Panaudojimo galimybės:
OpenMP ir MPI tipo skaičiavimai pasirenkant uždaviniui reikalingą mazgų, branduolių ir atminties kiekį, Linux RHEL8 aplinkoje.
Superkompiuterio „VU HPC Saulėtekis“ klasteris BullSequana X1000 GPU
2 GPU skaičiavimo mazgai.
Viename mazge yra 64 skaičiavimo branduoliai su AVX-512, AVX2 AVX, SSE4.2 procesoriaus instrukcijomis; 4 Tesla V100 GPU kortos, 376 GB RAM. Mazgai apjungti IB tinklu. Tikėtinas fizinis skaičiavimo mazgų prieinamumas: 50%.
Mazgai apjungti 100 Gbps greičio IB tinklu su kitais mazgais klasterio mazgais ir klasteriais.
Visa sistema naudoja didelio našumo failinę sistemas: 46TB (100 Gbps greičio IB tinkle) ir 289 TB (40 Gbps greičio IB tinkle). Maksimalus failo dydis uždaviniui 200TB.
Užduočių eilės: SLURM
Operacinės sistema: Red Hat Enterprise Linux release 8.4
Architektūra: Sequana X1000.
Panaudojimo galimybės:
OpenMP ir MPI tipo skaičiavimai su NVidia GPU technologija pasirenkant uždaviniui reikalingą mazgų, branduolių ir atminties kiekį, Linux RHEL8 aplinkoje.
Superkompiuterio „VU HPC Saulėtekis“ klasteris BullSequana X1000
Paskirstytos atminties klasteris.
Iš viso maksimalus panaudojimas 143 skaičiavimo mazgai vienam uždaviniui (viename mazge yra 64 skaičiavimo branduoliai su AVX-512, AVX2 AVX, SSE4.2 procesoriaus instrukcijomis, 376 GB RAM). Tikėtinas fizinis skaičiavimo mazgų prieinamumas: 80%.
Mazgai apjungti 100 Gbps greičio IB tinklu su kitais mazgais klasterio mazgais ir klasteriais.
Visa sistema naudoja didelio našumo failinę sistemas: 46TB (100 Gbps greičio IB tinkle) ir 289 TB (40 Gbps greičio IB tinkle). Maksimalus failo dydis uždaviniui 200TB.
Užduočių eilės: SLURM
Operacinės sistema: Red Hat Enterprise Linux release 8.4
Architektūra: Sequana X1000.
Panaudojimo galimybės:
OpenMP ir MPI tipo skaičiavimai pasirenkant uždaviniui reikalingą mazgų, branduolių ir atminties kiekį, Linux RHEL8 aplinkoje. Virtuali mašina su Windows aplinka pagal specialius poreikius.